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物种形成/ DNA条码技术

物种形成和DNA条形码是利用相同序列数据的独特项目. 因此, 通过序列的收集和系统发育分析,可以对这两个目标作出推论.

物种形成

褐藻的分类是高度未解决的,有很多需要研究的物种形成事件. 了解褐藻的进化历史有助于678娱乐场网址更好地对褐藻进行分类, 了解海藻在海洋盆地之间的运动, 从单细胞到多细胞的转变, 流动状态对进化的影响. 对物种形成事件的研究通常需要多个基因区域才能对物种形成事件做出推断.

DNA条码技术

DNA条形码已成功应用于红藻、绿藻和一些褐藻的研究. DNA条形码是一个短的基因区域,一旦被排序,就能显示出清晰的物种身份. 选择分子变异而不是形态变异来鉴定物种,避免了由于表型可塑性高而导致的误鉴定问题. 有效的DNA条形码大约有700个碱基对,集中在一个或部分基因区域.

Brian analyzes a gel.Eisenia arborea

海藻林是世界各地温带潮下群落中非常多产的生态系统. 过去的研究表明,浅部和深部潮下区水流和水动力压力的差异可能决定了藻的形态. Eisenia arborea 在卡特琳娜岛附近的浅海和深海带中有大量的海带物种吗, 加州, 每一种都有不同的形态. 形态分化是由表型可塑性还是遗传差异引起的尚不清楚. 本研究的目的是确定这些种群是否仍然是一个物种适应两个不同的环境,或已充分多样化,以被认为是两个不同的物种. 678娱乐场网址从这两个潮下种群中采集了样本,并从所有样本中提取了DNA. Based on the difference in polysaccharide content from the total genomic DNA extractions; variation between these two populations were evident. 两个基因区域, 扩增一个核(LSU [Z片段]的5 '端)和一个线粒体(cox 1 5 ')并测序. LSU Z片段的系统发育分析 考克斯1 5 ' 基因区表现出大量的遗传变异. 两者都显示出作为DNA条形码/标记的潜力,可以区分浅层和深层种群的个体. 进一步的测序和系统发育分析的两个基因区域的两个群体将进行令人兴奋的结果.

DNA条码技术在 海藻

海藻 是最重要的生态和广泛分布的褐藻属之一吗. 该属通常形成或远洋浮床或大型沿海站在热带亚热带海洋盆地世界各地. 然而, 关于它的进化历史和系统发育,还有很多有待发现的地方, 但由于无法100%准确地识别物种,这一进展受到了阻碍. 鉴定的问题是由于表型可塑性和隐种的高比率以及缺乏对加勒比地区的研究 海藻 物种. 在巴拿马的沿海地区尤其如此, 那里的多样性估计很高,有许多潜在的未被发现的物种. DNA条形码的开发 海藻 能否解决传统形态学鉴定的问题,并为系统发育分析提供数据. 这个项目的目标是比较三个基因区域的条形码效用, 并利用这些数据来帮助解决 海藻的发展史. 从巴拿马周边地区的加勒比海和太平洋获得了21个样本. 用改良的CTAB法提取样本,用genome - phi法扩增全基因组以存档DNA. 选择了几个基因区域,进行了扩增.g. 路易斯安那州立大学, 加拿大皇家银行L和ITS-2)并测序. 全部21份样本均成功提取,全基因组扩增产物已存档,以备将来使用. 正在使用新的和GenBank数据为该属建立单个基因区域的主比对. 系统发育分析生成了一个最大似然- bootstrap树,表明LSU片段Z没有足够的变异来作为一个条形码. 本研究的未来方向是将LSU Z与另一个LSU片段或其他基因区域配对. 

Ascoseira

Ascoseria 是南极洲恶劣环境下特有的一种藻类吗. 囊藻目和其他褐藻目一样,其分类学还没有定论. Ascoseira mirabilis 在湍流区和平静区之间呈现出不同的形态. 柄长差异是否由于表型可塑性或适应性进化变化尚不清楚. 标本采集自三个不同的地区, 提取ITS-2和ITS-2区域的总基因组DNA并进行扩增 加拿大皇家银行L was carried out. 序列比对并进行系统发育分析. 在基因区域没有发现足够的变异来确定两个种群之间是否发生了物种形成. 未来的研究将集中在其他几个基因区域以及Radtag分析.